Nyligen,Kinas CDC-veckovisapublicerade en viktig forskningsartikel som beskriver den epidemiologiska och etiologiska undersökningen av ett akut gastroenteritutbrott orsakat av grupp C-rotavirus (RVC) på en grundskola i Luzhou, Sichuanprovinsen, i oktober 2025. Macro & Micro-Tests högkapacitets riktade patogeninfångningskit (probe-capture) och teknik för helgenomanrikningssekvensering spelade en avgörande roll i undersökningen. Genom att möjliggöra korrekt patogenidentifiering och omfattande genomisk karakterisering gav tekniken viktiga vetenskapliga bevis för snabb bekräftelse av utbrott, exakt spårning av källan och effektiv utbrottskontroll.
Plötsligt utbrott: Första rapporterade RVC-utbrottet i sydvästra Kina
Den 15 oktober 2025 inträffade ett utbrott av akut gastroenterit på en grundskola i Luzhou. Skolan hade en total befolkning på 1 943 elever och personal, med 32 rapporterade fall, inklusive 6 laboratoriebekräftade och 26 kliniskt diagnostiserade fall, vilket resulterade i en total attackfrekvens på 1,65 %. Utbrottet nådde sin topp mellan den 15 och 16 oktober, där klass 7, årskurs 5 upplevde den högsta attackfrekvensen (23,08 %). De flesta patienter var skolbarn (medianålder: 10 år), som främst presenterade sig med kräkningar (65,62 %), diarré (46,87 %) och buksmärtor (37,50 %). Symtomen varade vanligtvis 1–3 dagar, och alla patienter tillfrisknade utan allvarliga komplikationer.
Den epidemiologiska undersökningen identifierade indexfallet som en 11-årig pojke i klass 7, årskurs 5. Hans yngre syster hade utvecklat liknande symtom före honom, vilket tyder på att smittspridning i hushållet var den ursprungliga källan. Otillräcklig hantering av kräkningar på campus – inklusive direkt sopning och bortskaffande utan snabb desinfektion eller områdesisolering – i kombination med dålig handhygien bland eleverna underlättade sannolikt ytterligare smittspridning. De flesta drabbade klassrummen var belägna mellan andra och femte våningen och delade intilliggande toaletter för män, vilket indikerar att både aerosol- och kontaktsmitta kan ha bidragit till spridningen.
Undersökningen blev särskilt utmanande eftersom rutinmässig screening av patogener, inklusive tester för norovirus och grupp A rotavirus, gav negativa resultat, vilket indikerade att en ovanlig patogen var ansvarig.
Etiologisk diagnos: Makro- och mikrotestets helgenomsekvensering identifierar den skyldige
Initialt test för norovirus var negativt. Luzhou CDC använde därefter en multiplex realtids-PCR-analys för gastrointestinala patogener som samtidigt kunde detektera 28 patogener, inklusive 8 virus, 17 bakterier och 3 parasiter, för att screena åtta kliniska prover. Den 17 oktober testade sex prover positivt för grupp C rotavirus, vilket framgångsrikt identifierade den orsakande patogenen.
För att ytterligare spåra källan till utbrottet utförde forskarna både nanopore-metagenomsekvensering och Macro & Micro-Tests probe-capture helgenomanrikningssekvensering på fem positiva prover. Denna metod genererade framgångsrikt fem kompletta RVC-genomsekvenser (SC01–SC05). Den integrerade strategin med snabb multiplex-PCR-screening följt av högupplöst helgenomsekvensering gav robust tekniskt stöd för noggrann molekylär epidemiologi och spårning av källan.
Vetenskapliga insikter: Första identifieringen av M2-genotypen i sydvästra Kina
Baserat på högkvalitativa helgenomdata som genererats med Macro & Micro-Tests teknik rapporterade forskargruppen flera viktiga vetenskapliga resultat:
Bekräftelse av ett monoklonalt utbrott:Alla fem virala isolaten delade en identisk helgenomgenotyp (G4-P[2]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2), med endast 0–1 skillnader i enkelnukleotidpolymorfism (SNP), vilket slutgiltigt visar att utbrottet härstammar från en enda överföringskedja.
Upptäckten av M2-genotypen:Fylogenetisk analys visade att Luzhou RVC-stammarna tillhörde M2-genotypen snarare än M3-genotypen som tidigare ansetts dominerande bland kinesiska RVC-stammar. Detta fynd utmanar den konventionella förståelsen av RVC-genotypens distribution i Kina och bekräftar framväxten av M2-genotypen i sydvästra Kina.
Bevis på internationella överföringslänkar:Helgenomjämförelse visade hög genetisk likhet mellan Luzhou-stammarna och RVC-stammar som tidigare rapporterats i Yunnan (2025), Novosibirsk, Ryssland (2017) och Italien (2012), vilket tyder på förekomsten av ett aktivt eurasiskt transmissionsnätverk.
Implikationer för förebyggande och kontroll: Tidig upptäckt och snabba insatser är avgörande
Efter identifiering av patogener implementerade Luzhou CDC omedelbart omfattande kontrollåtgärder, inklusive fallisolering, miljödesinfektion, standardiserad kräkningshantering och tillfällig klassavstängning. Utbrottet lyckades begränsas inom en enda inkubationsperiod, utan ytterligare fall rapporterades efter den 21 oktober.
Undersökningen ger också en viktig lärdom inom folkhälsan: för klustrade gastroenteritutbrott som testar negativt för både grupp A-rotavirus och norovirus, bör grupp C-rotavirus och andra rotavirus som inte tillhör grupp A införlivas i rutinmässig diagnostisk screening.
Denna studie representerar det första rapporterade utbrottet av grupp C-rotavirus i sydvästra Kina och den första identifieringen av M2-genotypen i regionen, vilket utökar den nuvarande förståelsen av RVC-epidemiologi i Östasien. I denna undersökning visade Macro & Micro-Tests integrerade lösning som kombinerar multiplex PCR-screening med helgenomanrikningssekvensering betydande praktiskt värde genom att möjliggöra både snabb patogenidentifiering och högupplöst molekylär källspårning, vilket ger ett reproducerbart tekniskt ramverk för exakt undersökning och kontroll av framtida utbrott av infektionssjukdomar.
Publiceringstid: 30 juli 2026