En nyligen genomförd metagenomisk studie har avslöjat ett anmärkningsvärt varierat spektrum av virus och bakterier som bärs av gnagare i Heilongjiang-provinsen, inklusive Lassavirus, Amurvirus, Salmonella och Yersinia pestis.
Forskningen använde sig avPatogen RNA-anrikningskit från Macro & Micro-Test, baserat på probfångstteknik. Genom att selektivt utarma värd-rRNA och andra konserverade värdfragment, behöll metoden effektivt mikrobiellt RNA, vilket avsevärt förbättrade känsligheten för patogendetektering. Detta steg för anrikning av patogen-RNA var avgörande för att uppnå en hög detektionsgrad och gav starkt tekniskt stöd för patogenövervakning.
Gnagare: Viktiga reservoarer för zoonotiska sjukdomar
Gnagare är den artrika och mest spridda gruppen av däggdjur och omfattar mer än 2 000 arter världen över och står för över 40 % av alla däggdjursarter.
Utöver sin ekologiska betydelse fungerar gnagare som viktiga reservoarer och vektorer för ett flertal zoonotiska patogener.Eftersom gnagarnas livsmiljöer ofta överlappar med mänskliga miljöer – genom direkta bett, kontakt med avföring eller indirekt överföring via loppor och kvalster – utgör de patogener de bär på ihållande hot mot folkhälsan.
Det är värt att notera att mer än 70 % av alla nya infektionssjukdomar härrör från vilda djur, där gnagare utgör en av de viktigaste virusreservoarerna.
Heilongjiangs gränsregion: En frontlinje för patogenövervakning
Heilongjiang, en gränsprovins i nordöstra Kina, har rikliga ekologiska resurser och gränsar till flera länder. Kombinationen av rik biologisk mångfald och frekventa befolkningsförflyttningar över gränserna skapar gynnsamma förhållanden för överföring av patogener.
Mellan juni och juli 2021 samlade forskare in 67 vilda gnagare från Hengdaohezi Town i Mudanjiang City. Proverna inkluderade:
l 20Apodemus peninsulae
l 47Myodes rufocanus
Alla exemplar fångades i bostadsområden och omgivande jordbruksmarker, vilket belyser det nära gränssnittet mellan mänskliga bosättningar och vilda djurs livsmiljöer.
Teknik för anrikning av patogener: Att övervinna bakgrundsstörningar från värden
Vid metagenomisk sekvensering dominerar värd-RNA vanligtvis sekvenseringsavläsningar och maskerar patogensignaler med låg förekomst.
För att hantera denna utmaning använde sig studien avMacro & Micro-Tests metagenomiska detektionskit för patogener. Med hjälp av probfångstteknik binder specifikt utformade prober till värd-rRNA och konserverade sekvenser, vilket möjliggör utarmning av dem och därigenom berikande mikrobiellt RNA.
Denna metod förbättrade avsevärt känsligheten för patogendetektering, vilket möjliggjorde nedströmssekvensering för att återställa en högre andel patogenavläsningar. Anrikningssteget lade en solid grund för att noggrant karakterisera patogenspektrumet som gnagare bär på.
Efter anrikning genomgick RNA-proverna omvänd transkription, bibliotekskonstruktion och högkapacitetssekvensering. Den bioinformatiska analysen omfattade:
l Filtrering av värdgenom
Taxonomisk klassificering med hjälp av Kraken2
l Korrigering av överflöd med Bracken
Detta arbetsflöde genererade en omfattande profil av virus- och bakteriesamhällen.
Forskningsresultat: Samcirkulation av flera virus och bakterier
Virala fynd
De upptäckta virusen tillhörde 21 virusfamiljer, inklusiveArenaviridaeochHantaviridae.
Genompå nyttGenom sammansättning med Megahit genererades 154 virala contigs, varav 110 stämde överens med 19 virus från åtta familjer.
In Apodemus peninsulae, följande virus identifierades:
l Arenavirus: Lassa-virus, Wenzhou-virus, Gairo-virus
l Hantavirus: Amur-virus, Puumala-virus
In Myodes rufocanus, Råttarterivirus och Amurvirus detekterades.
Bland dessa patogener:
Lassavirus är ett orsakande agens för viral hemorragisk feber, med en dödlighet på cirka 20 %.
Amurvirus är en av de patogener som orsakar hemorragisk feber med njursyndrom (HFRS). Kina rapporterar den högsta globala belastningen av hantavirusinfektioner.
Bakteriella fynd
Totalt 1 051 bakteriesläkten annoterades.
De vanligaste släktena var:
jagSalmonella(26–31 %)
jagYersinia(11–23 %)
Salmonellaär en viktig livsmedelsburen patogen som orsakar uppskattningsvis 9 miljoner fall av tyfusfeber och cirka 110 000 dödsfall årligen världen över.
Yersinia pestis, den orsakande agensen för pesten, har varit ansvarig för tre historiska pandemier. Heilongjiang-provinsen är erkänd som en av Kinas naturliga pestplatser och är fortfarande en prioriterad region för pestövervakning.
Studiens betydelse
Vetenskapliga bidrag
Denna studie representerar den första rapporten om Lassa-virusfragment och råttarteritvirus hos gnagare från Heilongjiang, och utökar Kinas databas över gnagarburna patogener.
Den karakteriserar systematiskt virus- och bakteriesamhällen i lokala gnagarpopulationer och tillhandahåller baslinjedata för övervakning av zoonotiska sjukdomar i gränsregioner.
Folkhälsokonsekvenser
Resultaten belyser behovet av kontinuerlig övervakning och patogenscreening avA. halvönochM. rufocanus.
Uppgifterna ger vetenskapliga bevis som stöder strategier för källkontroll av sjukdomar som pest och hemorragisk feber med njursyndrom.
Metodologiska styrkor
Metagenomisk sekvensering möjliggör opartisk detektion av både kända och nya patogener.
I denna studie uppvisade Macro & Micro-Tests patogenberikningsteknik stark prestanda och förbättrade effektivt detekteringen av målpatogener i komplexa biologiska prover. Resultaten bekräftar dess förmåga att stödja identifiering av högkänsliga patogener vid övervakning av vilda djur.
Produktrekommendation
Baserat på dess framgångsrika tillämpning i denna studie rekommenderas Macro & Micro-Test Pathogen RNA Enrichment Kit starkt för metagenomisk övervakningsforskning.
Genom att effektivt minska värdens nukleinsyror och berika mikrobiella sekvenser förbättrar kitet avsevärt detektionskänsligheten och datakvaliteten. Det representerar ett viktigt verktyg för korrekt patogenupptäckt i komplexa prover och ger robust tekniskt stöd för folkhälsoövervakning, zoonotisk riskbedömning och beredskap inför utbrott.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Publiceringstid: 2 mars 2026